Ce que tu décris fait plutôt penser à un problème hépatique ou rénal si c'est installé depuis assez longtemps ! si c'est que transitoire, peut-être simplement une déshydratation chronique ou alors une alimentation trop riche en azote qui colore les urines et leur donne une odeur d'ammoniaque.
Si ca se prolonge, un bilan hépatique et rénal (prise de sang) pourraient donner plus d'informations !
Le traitement non répondant au Baytril (enfin, j'imagine, et non Bactrym) écarte la probabilité d'une infection bactérienne au niveau urinaire.