Si c'est un si petit caillou, cela devrait partir tout seul.
Sinon tu peux utiliser une vieille brosse à dent, en te faisant aider par quelqu'un pour lui tenir la bouche. Enfin, c'est ce que moi je ferais.
Je te déconseille fortement le sable de rivière comme substrat, d'ailleurs c'est souvent du sable de quartz très abrasif (qui est encore pire). Le sable d'aquariophilie est plutôt inadapté en fait.
Si tu veux vraiment du sable, le mieux est le sable pour bac à sable (ou jeux d'enfants) qu'on trouve dans tous les magasins de bricolage. Moins cher, plus fin et surtout dépoussiéré.