Les tortues font parfois ça en effet.
Je n'ai jamais eu ce problème, mais je pense qu'il faut au contraire les laisser dehors. Lorsqu'on les rentre à l'abri, il fait généralement moins froid que lorsqu'on les laisse dehors, du coup, elles ne ressentent pas le besoin de s'enterrer profond pour se protéger. Si on les laisse dehors, lorsque les températures vont descendre en dessous du zéro, elles seront obligées de s'enterrer. Si elles ne le font pas, creuser un trou de qq cm de profondeur, y placer la tortue, et recouvrir sans tasser.
Certaines tortues s'enterrent tard, alors peut être qu'elles auraient tendance à le faire, mais qu'on ne leur en laisse pas l'occasion...